近年來，南通審計局扎實開展“黨建強審”，連續六年在市級機關綜合績效考核中獲優秀等次并獲政府創新獎，建局以來創下“零廉政問題”記錄，以高質量黨建不斷凝聚起推動南通審計高質量發展的強大動力。

近年來，南通審計局以高質量黨建工作統領全局，制定了黨建強審三年行動計劃，把黨建工作和審計業務工作深度融合，有力促進了南通審計事業全面發展。三年來實施審計項目201個，查出主要問題金額840.51億元，收繳入庫資金9.6億元，核減工程造價減少財政撥款13.67億元，促進相關單位建章立制39項。

為了掌握分析政府債務情況，市審計局在全省率先對全市債務規模進行了審計調查，為市委市政府防控債務風險提供了保障。通過努力，南通市審計局收獲了省文明單位、省債務審計先進集體、市黨建工作先進單位等一系列榮譽稱號。“審計護航”獲市級機關優秀黨建服務品牌。

此外，市審計局在組織形式上也有所創新，三年來累計在扶貧資金審計、長江經濟帶審計等16個審計駐點設立臨時黨支部，切實加強在外審計人員的政治思想和廉政作風建設。